用 Codex 做科研，真正值钱的不是让它帮你写几句话，而是把那些重复、细碎、容易出错的文献整理工作系统化。把 30 篇 PDF 提取成一张可以直接写综述的文献矩阵——这件事不难，但没有工作流支撑，做到一半就会乱。下面这套流程是亲测可用的，从建文件夹到质量检查，一步一步来。
用 Codex 先把文件夹结构搭对
不要把整个下载目录或 Zotero 附件文件夹直接当成 Codex 项目。每个研究问题单独建一个文件夹，边界清晰，后面才不会乱：
这一步做好，后面让 Codex 读论文、写脚本、生成矩阵时，原始材料和 AI 生成内容就不会混在一起。
AGENTS.md 认真写，这是项目说明书
没有 AGENTS.md，你每次都要重新解释研究问题、文件边界、输出字段。写一次，以后省无数次重复。
关键内容包括：研究目标、哪些文件不能改（原始 PDF）、矩阵要包含哪些字段、引用页码怎么处理、不确定的信息怎么标记。
文献矩阵建议包含这些字段：citation_key、title、authors、year、venue、doi、research_question、method、sample、key_findings、limitations、useful_quote、page_or_section、confidence、manual_check_needed。
有一点容易踩坑——别把一次性步骤写进 AGENTS.md。"今天先处理 A 目录"这种不适合写进去，适合写的是长期规则：原始 PDF 不能覆盖、引用信息必须核查、缺失页码要标记。
用 Codex 批量处理前，先让它出计划
Codex 能直接改文件也能跑脚本，但科研任务里不建议一上来就处理全部 PDF。更稳的做法是先进计划模式：
请先不要写代码。我想把 data/raw-pdfs/ 中的 30 篇论文整理成文献矩阵。请先给出实现计划、需要的配置、可能的风险和会修改的文件，尤其说明如何避免编造引用和错误页码。
计划模式的价值在于：提前发现任务是否过度自动化，确认文件边界，确认质量检查方式。实际节奏建议是先处理 3 篇样例，验证字段和格式没问题后再批量处理。科研项目里，计划阶段打断是低成本的，30 篇全部提取错了再返工就很痛苦。
API Key 和外部服务配置
如果需要接 Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar 这类服务来自动补 DOI 和文献元数据，配置要放在 .env.local 里：
.gitignore 里记得加上 .env.local密钥不能出现在聊天消息、脚本硬编码、README 示例或截图里。
接入外部 API 后，先做最小验证——用一个已知 DOI 做轻量查询，确认能通再批量跑。文献元数据处理有几个细节要特别注意：DOI 可能缺失或写错、作者名缩写不一致、预印本和正式发表版本可能同时存在、元数据补全不等于观点提取。
Codex 提示词写法决定矩阵质量
"帮我整理这些论文"太宽泛，得到的很可能是一张看起来完整但写不了综述的表。更好的写法是明确字段、受众、研究问题、输出格式和证据标准：
请分析 data/extracted/ 中的论文文本，提取：研究问题、理论框架、研究方法、数据来源、样本、关键发现、局限、可引用原文句子、页码或章节位置、置信度、是否需要人工复核。输出到 matrix/literature_matrix.xlsx。规则：不编造 DOI 和页码，无法确认的信息写 unknown，每条关键发现关联来源文件名。
第一版矩阵不够好，不要马上推倒重来。让 Codex 基于已有输出迭代，文件结构和字段名称保持稳定，改起来快很多。
用 Codex 写综述前，先生成证据地图
文献矩阵只是把资料排整齐，真正写综述前还需要一步：
请基于 matrix/literature_matrix.xlsx 生成证据地图，按主题聚类文献，标出支持文献、证据强弱、相互矛盾的发现和缺失证据。不要写完整综述段落。输出到 reports/evidence_map.md。
证据地图能让你看清哪些主题有文献支持、哪些结论只是单篇论文观点、哪些研究缺口是真实存在的，避免凭空写综述。
用 Codex 把跑通的流程沉淀成 Skill
同一套流程跑了两三次后，应该写成 Skill，放在 skills/literature-matrix-builder/SKILL.md以后不需要每次重新写长提示词。
Skill 的 description 要写贴近真实触发语：
当用户要求"整理文献矩阵""批量读论文""生成综述素材包"时，从 PDF、BibTeX 或 DOI 列表提取文献信息，输出文献矩阵、证据地图和研究缺口报告。
写成"用于学术研究的技能"这种太泛，不容易被正确调用。
用 Codex 生成矩阵后要做 QA
脚本跑完不代表矩阵能用。常见问题包括：Excel 工作表为空、DOI 重复、关键发现太泛无法写综述、页码缺失没有标记、citation_key 和 BibTeX 不一致。
让 Codex 先出问题清单：
请检查 matrix/literature_matrix.xlsx，只输出问题清单和修复建议，先不要改文件。重点检查空字段过多的论文、DOI 和 title 明显不匹配、key_findings 过于泛化、useful_quote 缺页码。
确认问题后再逐条修，不要一次说"全部优化一下"。
用 Codex 做科研文献整理，核心不是让它帮你写得更快，而是让每一步都有文件、有规则、有证据、有复核入口。一个成熟的 Codex 文献综述项目，最终应该是一套能追溯、能修改、能持续积累的研究资产——而不只是一段读起来顺滑但查不到出处的文本。如果你现在还停留在"把论文丢给 AI 总结一下"的阶段，从补一份 AGENTS.md 开始，然后把重复做过三次的流程写成 Skill，这两步能立刻改变工作方式。
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